?? 与此同时，人类补完计划与E计划的主要实施者之一的碇唯却在暗中计划反叛seele，她试图挽救人类渡过未来的第三次冲击，于是利用初号机融合实验的机会，主动使自己的灵魂完全融合进了这部补完计划的重要工具中。源渡对碇唯此举深感震惊，但他很快开始因势利导实行自己的一套补完方案，将零号机克隆人的Lilith灵魂物质中掺入碇唯的粒子体，甚至使其相貌也模 马 唯，这一制造过程是通过Dummy System实现的，通过这个系统可以由一个主体克隆出无数个分身，分享同一个灵魂。于是，The First Children——零号机专属驾驶员——凌波丽诞生了。绝对服从源渡的她，将刚刚制造完成MAGI超级电脑的赤木博士一顿臭骂后陨命，而被利用完毕的赤木博士也随之自杀身亡。另外一个被利用的人是EVA二号机的研制员，她的灵魂被二号机强行剥夺了一部分导致其精神分裂，其女明日香则被选为The Second Children——建造中的二号机专属驾驶员。对源渡来说二号机难以控制，甚至可能是Seele安放在他身边的制衡力量，因此他试图将最重要的初号机交给自己的儿子以便控制。但将真嗣选为The Third Children却必然招至Seele反对，因此源渡不得不耐心等待机会。
??EVA整部动画都是建立在复杂的宗教思想之上的。简单的，从片名就可以看出Evangelion在英语里是福音书的意思，这就不能不让人想到旧约圣经了吧。而且，故事中充满了所谓上帝、亚当、夏娃、以及死海文书(The Dead Sea Scrolls：注1)等的说法。整个故事就是建立在犹太教的基础之上的，由于犹太教和基督教之间的密切联系所以才有如此多的我们所熟悉的圣经中的事物；然而，本片既不是犹太教的思想宣传，也不是基督教的宗教影片，作者不过是借用了其中的故事概念来表达自己的思想而已——这些在下面的分析中将逐渐显示出来。
??既然谈到宗教，就让我们从EVA中的一个神秘的组织NERV开始我们的研究吧
??NERV—GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL’S RIGHT WITH THE WORLD
??看过EVA的人一定会对NERV的那个血红色的标志有深深的印象，同时也就会了解小标题中的那句GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL RIGHT WITH THE WORLD——是英国的诗人Robert Browning的诗句，我们可以暂时翻译成“神不为者，人为之”，我们就可以从这句话中了解到NERV所代表的意义。正如碇元渡所言科学的力量是无穷的，请看在第十二话中碇元渡与东月在南极时的对话（此时两人在航空母舰上）
??且不说这段重要对话中对故事情节的揭示，就起揭示的思想观点已经可以解释NERV的那个血红色的标志的意义了NERV的标志是以半片树叶下面的NERV字样为主体，下面环绕GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL RIGHT WITH THE WORLD的字样。其实，那片树叶实际上是一片无花果的叶子，也就是圣经中那象征着亚当夏娃被逐出伊甸园的原罪——由于偷食了智慧果实的原罪；智慧禁果的表现转换到EVA中也就是以NERV为代表的科学万能念，而GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL RIGHT WITH THE WORLD也就正体现了NERV的这种科学万能的思想（注3）。然而庵野秀明（注4）却认为科学的力量是人类原罪的根源，所以NERV的标志上才会有无花果的叶子，一方面代表了人类所背负的原罪；另一方面，作为NERV有这样的意义的标志也就体现了NERV的无所畏惧，无所敬畏，唯我至上的意志体现。碇元渡作为NERV的总司令也就集中了这种思想意志或者说是碇元渡带给了NERV这种思想。而东月就作为怀疑论者拥有着人类应该有所信仰有所敬畏。东月认为正是因为人类自满于自己的科学力量，试图以科学的力量进行自己的成神计划才导致了第二次冲击——上帝对人类的惩罚。
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??SEELE—意识第一的神学观点
??SEELE是NERV的直属上级机关，SEELE作为人类补完计划的计划者，是EVA背后的最大的也是最终的指引力量（从SEELE的意思——灵魂就可以得知），其实只有SEELE和NERV的高层人事才知道所谓人类补完计划的真相。所谓人类补完从外表上看是人类通过科学的力量包括神力进化到新的境界的过程，如果以电影版为基准的话，就是人类还原为LCL之海中的灵魂样的存在。有人认为THE END OF EVANGELION的结局是人类全灭，其实是人类失去了肉体，失去了相互之间的隔阂以精神的形式继续存在下去，也就是精神上的补完。在这一点上，TV版的结局也是如此，第25、26 话的心理分析可以说就是象征了（其实就是）心灵的补完。由此也可以看出SEELE 可以放弃人类肉体而使人类进化到精神世界的行为证明了他们意识第一的观念。同时也就是本片的思想基础——人的思想是最重要的，EVA的意义就是要给人的心灵一种补完的感觉。
??渚薰——最终的使者 渚薰以第十七使徒和第五适应者（驾驶员）的双重身份出现，他的背景相当的复杂。简单的说他是被SEELE利用而送到NERV去的，其目的就是要达成SEELE除掉已经背叛他们的碇元渡的计划。当被蒙在谷里的渚薰以第五适应者的身份到达NERV并且准备发动第三次冲击时，才发现其实所有的使徒都被NERV和SEELE的圈套所蒙骗了。这一段渚薰可以说是真正以神的使者的身份对人的行为进行着批判。这里的主题音乐是S y m p h o n y N o . 9 1 C h o r a l 1 贝多芬的第九交响乐，欢乐颂。这时薰所背负的天使的意义和贝多芬在此曲中所灌注的精神状态配合的相当融洽。其中，渚薰的许多台词可以算得上是Eva中的经典： 走吧！过来吧！亚当的分身，李林的仆人。 EVA是由亚当所生，对人类而言其存在实在使人憎恶。人类利用EVA生存至今的这种行为我实在是无法理解。 其中的“李林”就是指的人类，也就是犹太教中所说的：“人类lilin是lilith的后代，是罪恶的后代。” 亚当的分身自然是指Eva机体，人类利用自己科学的力量复制了神的行为，将Eva作为自己的仆人，并依靠着Eva而与使徒作战并存在着。也就是在批判人类不惜利用一切的邪恶本性。 而当他到达最终教条（天堂之门）的时候，发现在那里的竟是lilith的本体而非亚当，他发现其实一切都是安排好的，使徒强大的生命必然要败在人类智慧之下，或者说是败在了人类的欺骗之下。由此，渚薰 感叹着：这是利利斯（lilith）！是吗？原来是这样啊？李林 使徒一直认为NERV地下深藏的就是亚当，而且，SEELE也是这样告诉渚薰的吧。然而当最终的使徒真正看出真相之后，他便选择了自己的死亡。 生存下去是我的命运，即使人类会因而毁灭，我也得生存下去，不过我也可以选择死亡，对我来说生存和死亡对是一样的，死亡对我而言是唯一的自由。
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??EVA中的部分情节
??绫波的微笑
??第六话 决战、第三新东京市 Rei II 以及STAGE19黑暗中之月这一段可以说是被广大ayanamist（绫波丽的忠实信徒、喜欢绫波丽的）最为称道的Eva中的镜头，认为是绫波最美的样子。然而这背后也的确有其深刻的意味吧。在这一部分中主要描述的就是真嗣和丽之间关系的发展。主要用来反映两个人的内心世界，表现两个人的性格，以及为对方带来的改变。 在之前真嗣就问过绫波她为什么驾驶Eva，而绫波的回答是因为“羁绊”。
??这里值得一提的是着一段的背景音乐主题《M e s s i a h , p a r t Ⅱ ，42 H a l l e l u j a h ，c h o r u s （弥塞亚第二部第42章，赞美主，合唱曲）》以赞美主的神曲突破明日香的最后的精神防线，宣告了明日香那种无视一切的自大的思想的完结，明日香去寻找一种更加正确的思想吧。
??另外的关键是隆基努斯之枪（Spear of Longinus）的出现，隆基努斯是圣经中将耶稣刺死的那个士兵的名字。这柄隆基努斯之枪具有刺穿ATField的能力，刺死了耶稣，正是刺穿绝对不可侵犯的领域呀。拥有这样一柄枪的NERV所做的工作不正是隆基努斯的工作么。他们的科学进化人工成神计划的核心—— 隆基努斯之枪这个名字很不错呢。
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??人类的新世界——人类补完计划
??人类补完计划是新世纪福音战士中比较重要的一部分，可以说整个故事都是围绕着人类补完计划进行的。然而，人类补完计划也确实是本片中隐藏比较深不太容易理解的概念之一。因为新世纪福音战士一共有所谓的“两个结局”其一是动画片tv版的第25、26话，以意识流式的心理分析中结束。另一个就是在电影版The end of Evangelion中描述的第三次冲击的发生为结局。关于这两中结局，讨论相当激烈，个人各持己见，并没有一个确切的结果。那我就把我的见解写下，希望能够引起一定的思考就可以了。
??真治比以前更讨厌这个世界，也讨厌代表了未来的明日香（因为她可以毫不在乎的活下去），真治掐住明日香的脖子表达的正是他对外界和他人的仇恨。这是真治一直以来的想法，“others are hell”，他觉得别人不喜欢他，所以他也讨厌其他人。他好像到最后都没有改变。真治已经有一次觉得无法忍受明日香对他的批评，说出了他的内心感受，因此想杀死她，现在面对更无情的明日香，又想杀她也很正常。
